1.申请人必须具有一定的主体资格。申请人需在我国设有真实有效的工商营业场所，或在我国境内有住所，或拥有我国国籍。
2.申请人需要具有相应的国内申请或注册基础。若申请人计划通过马德里体系在国外申请注册的商标在国内已申请或已注册，则需提供国内的受理通知书或注册证。若申请人计划在国外申请注册的商标在国内还未提交注册申请，则需要先提交国内商标注册申请，待国内受理通知书下发后再办理马德里注册，但是国内受理通知书下发通常要几个月。此外，马德里注册的申请人名义、地址、商标必须和国内基础一致，商品或服务不得超过基础申请或注册的商品或服务范围。
相对于马德里注册，单一国家注册的门槛则较低，通常不需要国内申请或注册基础，申请人只需到商标主管机关直接提交商标注册申请即可。
在申请注册手续方面，马德里注册可以在一份注册申请里面指定多个缔约方，申请手续较为简便。若马德里申请在各指定缔约方顺利通过审查，则马德里注册可为申请人节约大量时间精力。但是，一旦遇到驳回或的情况，申请人则需要直接向各指定缔约方的商标主管机关提交驳回复审、答辩，按照各指定缔约方的法律法规准备相应文件，如提供经公证认证的商标代理委托书，在这种情况下，手续可能比单一国家注册更加复杂。
单一国家注册则相对复杂，需要申请人了解商标法律法规，根据商标注册的要求准备申请注册的文件，需准备的文件较多且手续繁琐，但是若有专业的代理机构进行服务的话，可较大程度地减少申请人的工作量。
马德里注册的费用比单一国家注册费用便宜，其原因主要在于，马德里注册由中国商标局、世界知识产权组织国际局转交注册申请至各指定缔约方的商标主管机关，费用主要包括官费和国内代理机构的服务费。
对于单一国家注册，根据法律的要求申请人通常需要委托的本地代理机构提交注册申请，除了官费和国内代理机构的服务费之外，还会产生国外代理机构的服务费，这样的客观原因导致单一国家注册的费用通常会比马德里注册的费用高许多。此外，在单一国家注册中，部分国家要求提交经公证认证的商标代理委托书等材料，该公证认证手续也会产生一定费用。
对于马德里注册，世界知识产权组织国际局在形式审查完毕以后，会给申请人颁发一份国际注册证，但是在颁发国际注册证阶段，国际局仅进行了形式审查且各指定缔约方还未进行实质审查，因此该国际注册证并非我们通常理解的商标注册证，该文件仅仅代表国际局已受理该马德里注册申请，并无真正意义上的注册证效力。
在实践中，较多申请人拿到国际注册证以后就认为马德里商标已经成功获权，造成申请人的。此外，在商标主管机关审查通过以后，通常只会颁发“核准通知”，没有专门的商标注册证，只有美国、日本和韩国等极少数缔约方会单独颁发注册证。并且，国际注册证通常都是黑白打印，仅在商标图样处可能会彩色打印，核准通知也是黑白打印或只有电子版，这让国内申请人更加难以理解难以接受，并对文件的真实性产生怀疑。此外，在申请人的过程中，核准通知对证明归属也存在诸多不便。为消除对商标注册效力和归属的疑虑，有企业希望向各指定缔约方的商标主管机关申请一份商标注册证或商标注册证明，但是有些国家并无此类补发商标注册证或商标注册证明的程序，即便有此类程序，也会产生额外费用。
根据《马德里协定》及《马德里议定书》的，若自申请人提交马德里注册申请至原属国商标局的日期起两个月内，国际局收到该马德里注册申请，则国际注册日为申请人提交马德里注册申请至原属国商标局的日期。否则，国际注册日为国际局收到马德里注册申请的日期。
此外，在指定缔约方审查阶段，各指定缔约方通常将国际注册日视为“申请日”，对申请人确权十分重要。但是根据实践情况，大多数情况下国际局收到马德里注册申请的日期都会超过两个月，不利于申请人确权。
对于单一国家注册，申请人在准备好相关文件后即可直接向商标主管机关提出注册申请，可以尽快确定申请日，有利于申请人确权。
虽然马德里注册申请可以在一份申请里面指定多个缔约方，但是商标法律制度不同，在商标主管机关审查的过程中需按照当国的审查标准来进行审查，而在一份马德里注册申请书里面无法同时满足对商标描述、商标释义、商品分类、商品规范等方面的众多要求，这可能会导致商标主管机关下发审查意见或驳回意见。
对于单一国家注册，申请人则可以根据的商标审查标准，制定相应的商标注册申请策略，最大限度地降低审查意见或驳回意见的可能性，提前规避不必要的风险。
接触过马德里注册的申请人应该都对令人望而生畏的“中心打击”原则有所了解。根据马德里议定书第六条：“在注册之日起五年期满前，如果基础申请或由之产生的注册或者基础注册分别就全部或部分国际注册中所列的商品和服务被撤回、过期、被放弃、最终驳回、注销或被宣布无效，无论其是否已被转让，都不得再要求国际注册给予的”。因此，通过马德里体系注册的商标效力具有不稳定性，国际注册五年后才能与国内基础脱钩，一旦国内基础在五年内失效，国际注册也将失效，在全部指定缔约方将失去。虽然马德里议定书对中心打击原则有一定救济措施，但相
马德里体系虽然有近百个缔约方，但是国内申请人经常注册的许多国家仍然不在马德里缔约方之列，诸如马来西亚、泰国、巴基斯坦、阿联酋、南非、巴西、阿根廷等尚无法通过马德里体系来进行注册。
对于单一国家注册，申请人通常不会遇到此类问题，可以直接向各目的国家的商标主管机关提出商标注册申请，申请方式更加。
根据马德里议定书第四条：“(a) 自根据第和第之三之所进行的注册或登记之日起，商标在各有关缔约方的与在该缔约方直接提交此商标申请所取得的应是相同的”。简而言之，就是说马德里注册在各指定缔约方的效力与单一国家注册的效力是相同的。
对于单一国家注册，的商标有效期、续展期、续展及变更要求等均有所差异，申请人需按照的分别办理，管理难度高。
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