由于人质劫持事件处理不当，担任劫持事件现场总指挥的马尼拉警署署长，25日请辞，而4名带队攻坚的特别行动队小队长也遭到解职。
然而，菲律宾总统阿基诺三世在谈及人质事件时过于轻松，血案发生地还几乎成为旅游景点，菲律宾以及甚至在出事大巴前微笑合影，让很多人感到不解和。
菲律宾国家署发言人克鲁斯表示，菲律宾警方当天的行动没有让他感觉“”。他认为，尽管劫持事件中了菲律宾警方的诸多问题，但警方当天的行动并无不当。“我认为，在当时的紧张情形下，我们已经利用有限的资源做得很不错了，”克鲁斯说，“没有事情是完美的。即便是发达国家的，他们也需要不断提高专业技能。”
阿基诺三世在25日召开的新闻发布会上宣布了马格蒂拜辞职的消息，阿基诺三世说：“我已经菲律宾总警长维尔佐萨接受马格蒂拜的辞呈。”阿基诺还表示，马格蒂拜的离职将从本月26日开始生效，维尔佐萨是负责处理此次人质劫持事件的现场指挥官。
此前菲律宾警方发言人阿格里米罗·克鲁兹25日宣布，警方已对事件展开调查，在调查结果出炉之前，带领特别行动队强攻的4名小队长解除职务，以免发生不必要的干扰。
菲律宾总统阿基诺三世刚当选总统不到两个月,就经历一场前菲警血洗旅游团的第一场重大国际危机,结果阿基诺三世与整个菲律宾都表现得相当令人不满。阿基诺三世24日凌晨到现场视察时,对记者的提问没有做出回答。在随后的记者会上,他面带微笑,竟以多年前的莫斯科剧院人质事件为例,声称警方无法保障人质安全,又把责任推给。
菲律宾互联网论坛上24日的声。社交网站“脸谱”上,总统贝尼尼奥·阿基诺三世个人主页下的如雪片一般。数网友在留言菲警方处理人质危机,菲律宾网民还菲警根本就没有专业人质谈判专家、不懂控制群众,也不协调,更谈不上特种训练。有网民更担心菲律宾成为国际大笑话,重创菲旅游事业。阿基诺三世的“脸谱”个人主页在菲律宾拥有极高知名度,在先前总统选举中,经由这个网站与阿基诺三世交流。而这个网站也是阿基诺三世总统了解的窗口。
阿基诺三世25日在个人主页上呼吁停止对的。“我已听到不少来自的声音,”阿基诺三世说,“我呼吁大家停止不必要的争论。让我们显示出,菲律宾人懂得如何尊重和理解。”
不过,一些菲律宾网友对阿基诺三世的呼吁并不买账,反而引起更加猛烈的。署名为杰伊·罗德里戈的网友在留言中向遇难者家属表达歉意,同时继续阿基诺三世。“你看,总统行动迟缓,他什么都没做,”罗德里戈说。更有人直言:“你没有我们,你总是一贯的。”
记者在菲律宾现场报道指出，不仅菲总统对这场歉意不足，部分菲律宾百姓乃至调查本案的执法人员也对死者。
23日遭劫持的旅游大巴目前仍然停在事发地马尼拉黎刹公园内。24日，遇难游客的家属来到现场，并在那里举行了祭，场面令人动容。但与此同时，这辆弹痕累累、的旅游客车竟然也被一些菲律宾当成了观光景点。拍摄到的现场画面显示，包括菲律宾女学生在内的一些人居然面带微笑来到大巴面前合影。更令人无解的是，就连菲警方人员也在巴士前争相合影，甚至还面带微笑。这些事再度加深港人的。
有网友看了的说：“难怪菲律宾当年被选为世界上最快乐的国家。”也有网友说：“那就不要拖走了，成为一个旅游景点也未尝不可，代表着菲律宾的耻辱！”
另外，对于质疑部分人质是中警枪死亡的说法，马尼拉警方负责人利奥卡迪欧·25日承认，部分人质可能在枪手门多萨和特警部队交火期间中流弹丧生。
表示，参加进攻行动的200多名特警部队人员的枪械事后已上缴，和前夫同居的日子以便进行弹道试验。他表示，人质中流弹死亡的可能性存在，并称有关的弹道试验会在警方管理下的犯罪实验室内进行。
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